1940 rok, Afryka Wschodnia. Druga wojna światowa widziana oczami polskiego żołnierza. Porucznik Konsky służy w brytyjskim oddziale Long Range Desert Group, którego znakiem rozpoznawczym jest złoty skorpion. W czasie działań wojennych spotyka wojskowych o różnych charakterach i poglądach, są wśród nich: faszysta i oportunista Stella, bezkompromisowy Cush czy kapitan Palchetti - wielbiciel opery i "dyrygent" położonej na pustkowiu twierdzy. Konskiego czeka pełna przygód wyprawa przez jałowe wydmy afrykańskiej pustyni, gdzie opuszczone forty i porzucone oazy zamieszkują nietypowe osobowości: waleczne wojowniczki, żądni krwi beduini, romantyczni bardowie i zakochani urzędnicy - wszyscy zostali wciągnięci w konflikt, w którym nikt nie wie, po czyjej stronie powinien się opowiedzieć. W lepkim, gęstym i nieprzyjaznym klimacie Sahary bohaterowie pakują się w tarapaty albo popadają w szaleństwo. "Pustynne Skorpiony" to opowieść z wyraźnym wątkiem autobiograficznym. Pojawiają się w niej także postaci znane już czytelnikom kultowej serii Hugona Pratta - "Corto Maltese".