Niesłusznie skazany za krwawy zamach Kimball O'Hara wciąż chce dowieść swojej niewinności. Lecz dokumenty, które mogły mu w tym pomóc, na zawsze przepadły w otchłani oceanu.
Tymczasem wojna pomiędzy Koroną Brytyjską i carem Rosji zdaje się nieunikniona. Na pokładzie Nautilusa jest jednak ktoś, kto cieszy się z takiego obrotu spraw kierowany pragnieniem zemsty kapitan Nemo. Stojąc za sterami swojego niezatapialnego okrętu, atakuje angielską flotę. Jaya, która pracuje dla Korony, musi za wszelką cenę znaleźć sposób, by go powstrzymać. Z kolei Kim chce zapobiec krwawemu konfliktowi, który najpewniej pochłonie tysiące ofiar. Zmuszona do sojuszu przeciwko zagrożeniu, jakie stanowi Nemo, dwójka bohaterów przygotowuje śmiały plan: przejęcie rosyjskiego okrętu podwodnego generała Ostrowa, żeby zwabić Nautilusa. Toczony na planszach komiksu wyścig ma znaczenie na skalę światową...
Czy Kimowi uda się uniknąć ofiar cywilnych i ponownie zobaczyć syna? Czy już zawsze będzie uważany za zdrajcę? Dziedzictwo kapitana Nemo" to ostatni tom przygodowej trylogii z wątkami szpiegowskimi.